O zařazení odsouzeného do určitého typu věznice (s dohledem, s dozorem, s ostrahou, se zvýšenou ostrahou) rozhoduje soud. Takovéto zařazení však nemusí být konečné. Je totiž připuštěno, aby soud během výkonu trestu odnětí svobody rozhodl o přeřazení odsouzeného do věznice jiného typu.

Zákon o výkonu trestu odnětí svobody (zákon č. 169/1999 Sb.) stanoví v souvislosti s přeřazováním odsouzených řediteli věznice důležitou povinnost. Ředitel věznice je povinen podat soudu návrh na přeřazení odsouzeného do jiného typu věznice, má-li za to, že přeřazení přispěje k dosažení účelu výkonu trestu. K tomuto návrhu je ředitel věznice povinen připojit vyhodnocení průběhu a účinnosti programu zacházení s odsouzeným, zhodnocení průběhu a úspěšnosti výkonu ochranného léčení, pokud bylo odsouzenému uloženo, a uvede i další skutečnosti, které mohou mít význam pro rozhodnutí soudu. Současně by měl označit důkazy, které navrhuje provést, pokud to soud bude považovat za potřebné.

Návrh na přeřazení do jiného typu věznice může podat i sám odsouzený. Pokud odsouzený oznámí věznici, že tento návrh podává, je ředitel věznice povinen i bez výzvy zaslat soudu všechny výše zmiňované přílohy. To však neplatí v případě, že zákonná překážka brání tomu, aby se soud návrhem odsouzeného zabýval. Nastane-li tato situace, ředitel věznice oznámí soudu důvody, pro které nelze návrhu vyhovět.

Soud je při rozhodování o přeřazení limitován ustanovením § 39b trestního zákona, který stanoví, že během výkonu trestu odnětí svobody může soud rozhodnout o přeřazení odsouzeného do věznice jiného typu, který se od věznice, v níž dosud odsouzený trest vykonává, může lišit o jeden stupeň.

O přeřazení odsouzeného do věznice s mírnějším režimem rozhodne soud tehdy, jestliže chování odsouzeného a způsob, jakým plní své povinnosti, odůvodňují závěr, že přeřazení přispěje k dosažení účelu výkonu trestu. O přeřazení odsouzeného do věznice s přísnějším režimem může soud rozhodnout, pokud je splněna alespoň jedna ze dvou zákonem stanovených podmínek, a to jestliže odsouzený závažným způsobem nebo opakovaně porušil stanovený pořádek nebo kázeň, nebo jestliže odsouzený byl pravomocně uznán vinným trestným činem, který spáchal během výkonu trestu. Do věznice s dozorem a věznice s dohledem není možno přeřadit odsouzeného, který se má na základě rozhodnutí soudu podrobit ochrannému léčení v ústavní formě.

Zvláštní omezení se vztahuje k věznici se zvýšenou ostrahou. Jsou zde vymezeny dva případy, kdy nelze odsouzeného přeřadit z této věznice. Z věznice se zvýšenou ostrahou nelze přeřadit odsouzeného, kterému byl uložen výjimečný trest a který dosud nevykonal alespoň deset let tohoto trestu a dále jiného odsouzeného, který trest vykonává ve věznici se zvýšenou ostrahou, před výkonem alespoň jedné třetiny uloženého trestu.

Na návrh odsouzeného, který ve věznici určitého typu vykonal nepřetržitě alespoň jednu třetinu uloženého trestu, nejméně však šest měsíců, může soud rozhodnout o jeho přeřazení do věznice s mírnějším režimem, to se však netýká odsouzeného, kterému byl uložen trest na doživotí a vykonává jej ve věznici se zvýšenou ostrahou. (Jestliže takovému návrhu není vyhověno, může jej odsouzený opakovat až po uplynutí šesti měsíců od skončení řízení o jeho předchozím návrhu.)