Oproti smluvní pokutě jako jednomu ze zajišťovacích prostředků splnění závazku, jehož aplikaci si musejí smluvní strany výslovně písemně ve smlouvě ujednat (proto onen přídomek „smluvní“), představuje úrok z prodlení zákonnou sankci (tzv. příslušenství pohledávky) pro případ prodlení dlužníka s placením peněžitého plnění.

Zatímco tedy právo na úrok z prodlení vzniká věřiteli automaticky ze zákona již tím, že dlužník v době splatnosti neuhradí příslušnou peněžní částku, právo na smluvní pokutu je podmíněno předchozí dohodou věřitele s dlužníkem. Bez této dohody právo na smluvní pokutu věřiteli nevznikne.

Smluvní pokuta se od úroku z prodlení liší i v jiných věcech, než jen ve způsobu vzniku. Zatímco výši smluvní pokuty ponechává zákon výlučně na dohodě smluvních stran s tím, že se musí dohodnout buď přímo na konkrétní výši nebo na způsobu jejího určení, výši úroku z prodlení stanoví zvláštní právní předpis. Smluvní strany se od tohoto zvláštního právního předpisu (kterým je nařízení vlády č. 142/1994 Sb.) mohou odchýlit pouze v případě obchodních závazkových vztahů a to ještě jen za určitých podmínek.

Smluvní pokuta navíc (bez odlišné dohody smluvních stran) vylučuje nárok na náhradu škody vzniklé z téhož porušení povinnosti, což neplatí o úroku z prodlení.

Z výše uvedeného je tedy zřejmé, že smluvní pokuta a úrok z prodlení představují dva odlišné právní instituty (smluvní pokuta jako zajišťovací prostředek a úrok z prodlení jako zákonný důsledek prodlení).

V praxi se však běžně stává, že v důsledku jednoho prodlení s plněním peněžitého závazku vzniká věřiteli právo jak na smluvní pokutu, tak na úrok z prodlení z dlužné částky. Navíc díky tomu, že výše smluvní pokuty i úroku z prodlení může být stanovena procentem z dlužné částky (např. 0,5 % denně z dlužné částky), nebývá zcela zřejmé, zda lze po dlužníkovi v prodlení naráz požadovat obě tyto majetkové sankce.

Pravdou zůstává, že ani občanský, ani obchodní zákoník se otázkou tzv. souběhu smluvní pokuty a úroku z prodlení blíže nezabývá. Žádný z těchto kodexů tak neobsahuje „návod“ jak postupovat, když k souběhu těchto majetkových sankcí skutečně dojde. Judikatura Nejvyššího soudu však nakonec dospěla k názoru, že sjednají-li si smluvní strany pro případ prodlení se splněním peněžitého závazku (např. úhrady kupní ceny) smluvní pokutu, je ta smluvní strana, která takto zajištěný peněžitý závazek poruší a dostane se do prodlení, povinna zaplatit druhé smluvní straně sjednanou smluvní pokutu i úrok z prodlení.

Jinými slovy zákon nevylučuje, aby porušení téže povinnosti bylo sankcionováno hned dvakrát – smluvní pokutou i úrokem z prodlení. Této skutečnosti by si měl být proto vědom každý dlužník, který se ocitne v prodlení se zaplacením peněžní částky, jejíž úhrada je zajištěna právě smluvní pokutou. Na tuto situaci částečně pamatuje obchodní zákoník, který v případě soudního sporu o zaplacení smluvní pokuty umožňuje soudu s vědomím dvojího sankcionování téhož výši smluvní pokuty snížit.