Rozhodnutí NSS podstatně mění zaběhlá pravidla v daňovém řízení: Po lhůtě už jen soudní cestou
V únoru 2025 vydal rozšířený senát Nejvyššího správního soudu rozhodnutí, které zásadním způsobem mění dosavadní praxi v oblasti daňového řízení dle daňového řádu. Týká se především výkladu lhůty pro stanovení daně podle § 148 odst. 5 daňového řádu a situací, kdy správce daně ve stanovené lhůtě neukončí řízení pravomocným stanovením daně. Nově taková situace nebude mít dopad pouze na správu daní, ale povede i k civilním sporům, neboť nárok daňového subjektu na vrácení daně již nebude možné po uplynutí lhůty uplatnit v rámci daňového řízení, a bude se jej tedy muset domáhat soudní cestou, čímž dojde k navýšení výdajů na jeho straně.
Rozhodnutí rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu ze dne 21. února 2025, č. j. 1 Afs 231/2022–44, představuje zásadní obrat ve výkladu § 148 odst. 5 daňového řádu. Soud výslovně stanovil, že pokud řízení směřující ke stanovení daně neskončí ve lhůtě pravomocným rozhodnutím, nelze daň po jejím uplynutí již stanovit. Tento právní závěr se přitom vztahuje obecně na jakoukoli daň a na jakoukoliv daňovou povinnost, bez ohledu na její charakter nebo procesní okolnosti. V projednávané věci se jednalo o nárok na nadměrný odpočet DPH, který nebyl včas pravomocně posouzen, avšak Nejvyšší správní soud výslovně uvedl, že jeho závěry dopadají obecně na všechny daňové povinnosti bez ohledu na konkrétní druh daně.
Před rozhodnutím rozšířeného senátu panoval ustálený výklad § 148 odst. 5 daňového řádu, podle něhož uplynutí prekluzivní lhůty pro stanovení daně bránilo správci daně v dalším aktivním vedení řízení směřujícího ke stanovení daně. Přesto se tato skutečnost v praxi nekladla na roveň definitivní ztrátě možnosti správně přiznanou daňovou povinnost uspokojit. Zejména v situacích, kdy daňový subjekt uplatnil nárok (například na odpočet DPH) a správce daně jej ve stanovené lhůtě formálně nerozporoval ani pravomocně neuzavřel příslušné řízení, byl tento nárok po lhůtě zpravidla akceptován a plněn.
Taková interpretace vycházela z praktického rozlišení mezi aktivním stanovením daně a vrácením částky odpovídající tvrzenému nároku. Pokud správce daně nerozhodl o existenci pochybností včas a nevydal platební výměr, bylo možné mít za to, že daň byla „přiznána“ v původní výši dle tvrzení daňového subjektu. Správní praxe se opírala o předpoklad, že uplynutím lhůty správce daně sice ztrácí oprávnění daň stanovit, ale nikoliv oprávnění nárok uznat. Tento výklad byl podpořen i metodickým přístupem finanční správy, který vycházel ze závěru, že daňový subjekt nemůže nést negativní důsledky za to, že správce daně nestihl jeho nárok ve lhůtě pravomocně rozhodnout. Výsledkem bylo, že i po marném uplynutí lhůty docházelo k vracení nadměrných odpočtů bez formálního rozhodnutí a bez soudního přezkumu.
Jak bylo zmíněno výše, rozšířený senát svým rozhodnutím podstatně přehodnotil výklad § 148 daňového řádu. Nově výslovně konstatuje, že pokud řízení směřující ke stanovení daně nebylo ve lhůtě pravomocně ukončeno, zaniká nejen možnost daň stanovit, ale také možnost ji jakýmkoli způsobem uznat nebo přiznat v rámci daňového řízení. Na rozdíl od dřívější praxe se tak nadále nelze dovolávat „pasivního uznání“ nároku daňovým subjektem v situaci, kdy správce daně lhůtu pro stanovení daně nevyužil. Lhůta pro stanovení daně se tak nově chápe nejen jako mez pro vydání rozhodnutí správcem daně, ale i jako konečná hranice, po jejímž uplynutí již nelze nárok daňového subjektu v daňovém řízení nadále posuzovat.
V praxi to znamená, že správce daně musí jakýkoli postup směřující ke stanovení daně, například kontrolu nebo postup k odstranění pochybností, pravomocně ukončit ve lhůtě stanovené v § 148 daňového řádu. Základní tříletá lhůta podle odstavce 1 se může prodlužovat, zejména pokud dojde k úkonům vymezeným v odstavci 2 (například oznámení rozhodnutí o stanovení daně), nebo pokud je v jejím průběhu zahájena daňová kontrola (§ 148 odst. 3). Bez ohledu na tato prodloužení však před vydáním zmíněného rozhodnutí platilo, že daň nelze stanovit po uplynutí absolutní desetileté lhůty podle § 148 odst. 5.
Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu v daném rozhodnutí přinesl v tomto směru novinku – výslovně připustil analogické použití § 148 odst. 2 písm. a) také ve vztahu k desetileté lhůtě. Pokud tedy daňový subjekt podá v posledních 12 měsících této lhůty dodatečné daňové tvrzení na nižší daň, může se lhůta pro stanovení daně prodloužit o jeden rok. Ani v této prodloužené lhůtě však nelze daň stanovit ve vyšší výši, než byla naposledy známá. Toto omezené „prolomení“ desetileté lhůty je zcela nový prvek, který má správci daně umožnit posoudit oprávněnost nároku na vrácení daně, aniž by tím byl otevřen prostor pro dodatečné doměření vyšší daně po uplynutí základní desetileté lhůty.
Tento nový výklad nicméně otevírá i potenciálně sporný prostor. V odborné rovině se totiž může objevit otázka, zda takto připuštěné prodloužení desetileté lhůty analogickým použitím § 148 odst. 2 písm. a) nepředstavuje zásah do samotné podstaty prekluzivní lhůty. Pokud je možné lhůtu „prolomit“ v jejím desátém roce, nabízí se otázka, zda by obdobný postup nemohl být uplatněn i po jejím uplynutí. Ačkoliv rozhodnutí rozšířeného senátu v tomto směru vymezuje konkrétní hranice, jde o interpretaci, která může v budoucnu vyvolávat určitou aplikační nejistotu.
Z praktického hlediska má rozhodnutí rozšířeného senátu dalekosáhlé důsledky nejen pro správní praxi, ale především pro daňové subjekty. Pokud správce daně ve lhůtě dle § 148 daňového řádu, byť i prodloužené, či analogicky rozšířené, řízení pravomocně neukončí, nárok daňového subjektu již nelze v rámci daňového řízení uspokojit. V takové situaci nezbývá daňovému subjektu jiná možnost, než se domáhat svého nároku cestou civilní žaloby. Judikatura výslovně zmiňuje postup podle zákona 82/1998 Sb., o odpovědnosti za škodu způsobenou při výkonu veřejné moci, přičemž újma bude zpravidla představována částkou, kterou by daňový subjekt v rámci daňového řízení obdržel. Nejvyšší správní soud v této souvislosti odkázal i na nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 3244/09, podle něhož se jedná o soukromoprávní nárok, byť svou povahou úzce navázaný na předchozí průběh daňového řízení. Tento přesun ze správní roviny do civilní může v praxi znamenat zvýšené zatížení obecných soudů a pro daňové subjekty představuje významnou změnu v tom, že po uplynutí lhůty pro stanovení daně se již nemohou svého nároku domáhat v rámci daňového řízení, ale pouze prostřednictvím civilní žaloby. To s sebou nese vyšší důkazní i procesní nároky než dřívější správní praxe, kdy bylo možné očekávat přiznání nároku i bez formálního rozhodnutí správce daně.
Rozhodnutí rozšířeného senátu Nejvyššího správního soudu tak zásadním způsobem mění pravidla pro posuzování nároků v daňovém řízení. Nově platí, že po uplynutí lhůty pro stanovení daně již nelze v rámci daňového řízení o nároku rozhodnout, ani jej uznat, a to ani v případech, kdy by byl nárok v minulosti správci daně pasivně uznán. Daňový subjekt se tak svého práva může domáhat pouze cestou civilní žaloby. Zároveň soud poprvé připustil, že desetiletou prekluzivní lhůtu lze za určitých okolností prodloužit, a to, pokud daňový subjekt v jejím závěru podá dodatečné daňové tvrzení na nižší daň. Obě změny přinášejí nejen přehodnocení dosavadní správní praxe, ale i nové nároky na právní jistotu a procesní obezřetnost daňových subjektů.
JUDr. Tereza Jelínková,
advokát
© EPRAVO.CZ – Sbírka zákonů, judikatura, právo | www.epravo.cz
