Ze strany Ministerstva zemědělství došlo ke změně výkladu při uplatňování ustanovení § 13 odst. 2 a 3 zákona č. 42/1992 Sb., o úpravě majetkových vztahů a vypořádání majetkových nároků v družstvech, ve znění pozdějších předpisů. Ministerstvo financí o této změně bylo informováno dopisem čj. 789/94-100 ze dne 2. 3. 1994.

Podle této změny se na majetkový podíl člena družstva nebo účastníka právnické osoby podle transformačního projektu, který není základním členským vkladem, vkladem společníka ani další majetkovou účastí jako součásti čistého obchodního jmění ze podmínek určených stanovami či společenskou smlouvou, nahlíží jako na majetkový podíl oprávněné osoby podle ustanovení odst. 2 a 3 zákona č. 42/1992 Sb. Jedná se tedy o propůjčený či pronajatý majetkový podíl nebo jeho část, který družstva nebo obchodní společnosti evidují zpravidla na závazkových listech. Člen družstva nebo účastník obchodní společnosti zůstává i nadále oprávněnou osobou k uvedené části majetkového podílu. Jeho vydání je proto považováno za vydání v rámci transformace.

Na základě toho Ministerstvo financí upravuje svoje dosavadní stanovisko ke zdanění příjmů plynoucích z vydání této části majetkových podílů, a to takto:

Příjmy plynoucí z vydání výše uvedeného majetkového podílu nebo jeho části nejsou předmětem daně, pokud je podíl vydán ve věcném (naturálním) plnění. Při vyplacení v penězích není předmětem daně pouze příjem za základní podíl (restituční část majetkového podílu). Další (transformační) podíl při vyplacení v penězích podléhá zdanění zvláštní sazbou daně vybírané srážkou. Sazba podle § 36 odst. 2 písm. c) zákona č. 586/1992 Sb. činí 15 %. Nárok na vydání vznikne oprávněné osobě při zániku členství v družstvu nebo účasti v obchodní společnosti za podmínek stanovených v § 13 odst. 2 zákona č. 42/1992 Sb. v případě, že je podnikatelem v oboru předmětu činnosti výrobního nebo spotřebního družstva nebo provozuje zemědělskou výrobu v případě zemědělského družstva. V ostatních případech bude tato část majetkového podílu vydána podle ustanovení 13 odst. 3 cit. zákona. Obdobně vznikne nárok na vydání této části majetkového podílu na základě žádosti za současného trvání členství v družstvu či účasti v obchodní společnosti, pokud to nevylučují ustanovení obchodního zákoníku o zákazu konkurence (zejména 55, 84, 93, 99, 136, 196 a 249), případně pokud to nevylučují stanovy nebo společenská smlouva.

Podle změněného stanoviska Ministerstva zemědělství zůstává i člen družstva nebo společník obchodní společnosti nadále oprávněnou osobou k uvedené části majetkového podílu, u něhož má nárok na vydání podle zákona č. 42/1992 Sb. Z toho důvodu se považuje i tato část ve smyslu § 33a zákona č. 229/1991 Sb., ve znění pozdějších předpisů, za pohledávku. Výši vyplacených úroků (nájemného), které jsou pro příjemce zdanitelným příjmem, může družstvo či obchodní společnost uplatnit pro daňové účely jako výdaje (náklady).

Toto stanovisko sjednocuje zdanění při vydání majetkových podílů členům družstva a společníkům obchodních společností vzniklých podle transformačního projektu na úroveň zdanění při vydání podílů oprávněným osobám, které se členy transformovaného družstva nebo společnosti nestaly. Oprávněné osoby, jimž je majetkový podíl (pohledávka) vydán, a to včetně vydání uskutečněného v roce 1993, nebudou proto příjem z toho plynoucí uvádět ve svém daňovém přiznání. Pokud již poplatník po vydání majetkového podílu podal daňové přiznání a v něm zahrnul i příjmy z podílu vydaného ve věcném plnění a daň zaplatil, může do konce tohoto roku podat dodatečné daňové přiznání, jak to stanoví § 102b zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků, ve znění pozdějších předpisů. Přeplatek daně pak bude na jeho žádost vrácen, nemá-li současně jiný nedoplatek u téhož správce daně (§ 64 cit. zákona).

Ministerstvo financí současně sděluje, že Poslanecká sněmovna v rámci přijaté novely zákona o správních poplatcích dne 24. 3. 1994 přijala i novelu zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů. Podle této novely se doplňuje § 24 odst. 2 o písm. z) tak, že hodnota zásob, věcí do pořizovací hodnoty 10 000,- Kč a poskytnutých služeb pokud je vydána jako plnění restitučních nároků nebo majetkových podílů na transformaci družstva nebo vypořádacího podílu na majetku družstva a prokazatelně použita pro podnikání je také výdajem (nákladem) vynaloženým na dosažení, zajištění a udržení zdanitelných příjmů. Tyto výdaje lze podle přijaté novely uplatnit již při stanovení daňové povinnosti za rok 1993.