V rámci daňového řízení kontrolovaný daňový subjekt obvykle předkládá správci daně důkazy prokazující správnost podaného daňového přiznání. Tyto důkazy mohou tvořit široké spektrum různých podkladů, např. faktury, dodací listy, předávací protokoly, emailová komunikace apod. Důkazy by měl správce daně podle § 8 odst. 1 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, hodnotit podle své úvahy. Současně by měl posuzovat každý důkaz jednotlivě a všechny důkazy v jejich vzájemné souvislosti; přitom by však měl přihlížet ke všemu, co při správě daní vyšlo najevo.

Nejvyšší správní soud (NSS) se zabýval případem (6 Afs 365/2017 – 41), kdy česká firma vyvážela automobily do třetí země (Kambodže) a to prostřednictvím celního agenta v Belgii. Ten má ovšem stejné pravomoci jako český celní orgán, je tedy také oprávněn uvést zboží do tzv. celního režimu vývozu, který je nutný pro aplikaci osvobození od DPH.

Česká firma předložila finančnímu úřadu tzv. jednotný správní doklad (JSD) spolu s dalšími doklady souvisejícími s vývozem zboží do třetí země (předávací protokoly, přepravní dokumenty, bankovní výpisy potvrzující úhradu a další). Finanční úřad na základě předložených důkazů u těchto transakcí nepřiznal české firmě osvobození od DPH podle ustanovení § 66 zákona č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, s argumentací, že JSD neobsahuje veškeré potřebné náležitosti (podpis belgického celního agenta, chybějící otisk razítka). Hlavním důvodem podle finančního úřadu bylo, že předmětné automobily nebyly uvedeny do celního režimu vývozu, což je jedna z podmínek nutných pro osvobození od DPH. Správce daně si nebyl vědom podstatné skutečnosti, že belgický celní agent je oprávněný uvádět zboží do celního režimu vývoz namísto belgického státního celního úřadu.

V této souvislosti finanční úřad nezpochybnil právní postavení belgického celního agenta, avšak i přesto požadoval doložení dané skutečnosti. Vzhledem k tomu, že daňový subjekt podle správce daně tuto skutečnost neprokázal, nebyl dle správce daně schopen ustát své důkazní břemeno.

NSS k předmětné věci uvedl, že správce daně může vyjádřit pochybnosti ohledně věrohodnosti, průkaznosti správnosti či úplnosti účetnictví a jiných povinných záznamů. Nicméně v této souvislosti je povinen identifikovat a prokázat konkrétní důvodné pochyby, dle kterých je činní nevěrohodnými, neúplnými, neprůkaznými nebo nesprávnými.

Správce daně tedy nesmí zpochybňovat navržené důkazní prostředky osvědčující propuštění zboží do režimu vývozu, aniž by výslovně uvedl, na základě jakých skutečností tak činí.