V teorii i praxi vyvolává zajímavé otázky smlouva o prodeji podniku, resp. jeho části, která je jako tzv. absolutní obchod (tedy takový závazkový vztah, který se vždy řídí obchodním zákoníkem, bez ohledu na smluvní strany) upravena v § 476 an. zákona č. 513/1991 Sb., obchodní zákoník, v platném znění (dále ObchZ). Tento smluvní typ je charakterický relativně významným podílem kogentní právní úpravy, smluvní strany se tedy smluvním konsensem nemohou od takových ustanovení odchýlit (podle § 263 ObchZ jsou kogentními §§ 477, 478, § 479 odst. 2, § 480, § 483 odst. 3 a § 488).

Tento rozbor věnuje pozornost otázce, jak chápat kogentní ustanovení § 477 odst. 1 ObchZ stanovící, že na „kupujícího přechází všechna práva a závazky, na které se prodej vztahuje“. V prvé řadě třeba podotknout, že toto ustanovení musí být  interpretováno v patřičném zákonném kontextu. Úzce s ním souvisí § 476 odst. 1 ObchZ, který smlouvu o prodeji podniku pojmově vymezuje, když stanoví, že touto smlouvou se „prodávající zavazuje odevzdat kupujícímu podnik a převést na něj vlastnické právo k podniku a kupující se zavazuje převzít závazky prodávajícího související s podnikem a zaplatit kupní cenu“. „Práva a závazky, na které se prodej vztahuje“, musí potom nutně znamenat práva a závazky týkající se podniku či s podnikem související.[1] V obecné rovině se k této otázce vyjádřil Nejvyšší soud v rozhodnutí z 22. 12. 1994, Odon 34/93 (publikovaného ve Sbírce soudních rozhodnutí v roce 1997 pod č. 30).[2] Podle něj ze zmiňovaného ustanovení vyplývá, že kupující se smlouvou o prodeji podniku „zavazuje převzít závazky prodávajícího“ a zároveň rozsah těchto závazků je předem stanoven – musí jít o „závazky související s podnikem“, tedy o všechny závazky, které měl prodávající a které souvisejí s podnikem či jeho částí. Stejná situace platí i pokud jde o práva, věci a jiné majetkové hodnoty: Jde o ta, která „slouží provozování podniku“.

Tyto závěry jsou v souladu s koncepcí podniku podle § 5 ObchZ jako souboru hmotných, jakož i osobních a nehmotných složek podnikání. K podniku podle dikce zákona náleží věci, práva a jiné majetkové hodnoty, které patří podnikateli a slouží k provozování podniku nebo vzhledem ke své povaze mají tomuto účelu sloužit. Zákon označuje podnik jako věc hromadnou. Rozhodující zde potom je toto účelové vymezení práv; v této souvislosti se také uvádí, že z podniku činí celek podnikatelská myšlenka.[3]

            Pokud by tedy měly být shrnuty dosavadní závěry, je zřejmé, že na základě smlouvy o prodeji podniku jako smluvního právního důvodu přecházejí všechna práva, která slouží danému podniku či jeho části, či vzhledem k své povaze mají tomuto účelu sloužit. Tento přechod založený § 477 odst. 1 ObchZ je kogentní.

            Otázkou nutnou pozastavení je to, jak široce možno chápat vymezení těchto práv, resp. jak vyřešit, když některá z těchto práv jsou podřízena ještě zvláštní právní regulaci. Autoři K. Marek a M. Chmelík tuto otázku formulují tak, zda s podnikem souvisejí i tzv. neobchodní práva a závazky a zda tedy obchodněprávní úprava má přímý dopad i do jiných odvětví práva.[4] Uvedení autoři s odvoláním na § 480 ObchZ zdůrazňují, že zákonodárce předpokládá, že s podnikem souvisejí i neobchodní práva a závazky. Uzavírají, že „pojem „práva a závazky související s podnikem“ zahrnuje rovněž i práva a závazky neobchodní včetně závazků veřejnoprávní povahy, a to za předpokladu, že s podnikem souvisejí“. Tento názor podporuje i rozsudek Krajského soudu v Českých Budějovicích č. 10 Ca 131/98-20, který předpokládá přenos daňové povinnosti v případě prodeje podniku či jeho části, na rozdíl od jiných převodů uskutečněných podle obchodního zákoníku.

            Zmínění autoři jsou názoru, že k tomuto přechodu práv i závazků neobchodní povahy, včetně těch z nich, které mají veřejnoprávní charakter, může dojít pouze v případě, kdy zvláštní zákon takovýto přechod nezakazuje, či pokud tomu neodporuje povaha věci, a to způsobem, který takový zákon stanoví. To dokládají argumentací založenou na § 480 ObchZ, který výslovně uvádí, že z prodávajícího přecházejí na kupujícího práva a povinnosti vyplývající z pracovněprávních vztahů k zaměstancům podniku.[5] Podle jejich názoru je toto ustanovení důkazem toho, že zákonodárce předpokládá, že s podnikem souvisejí i neobchodní práva a závazky.

            Tento názor se však zdá být názorem minoritním; byl také formulován za platnosti staré právní úpravy a jen čas ukáže, jak se k němu postaví praxe (již nyní však existují náznaky, že spíše negativně). Pokud jde o druhou část nadhozené otázky, tj., jak se vyrovnat se existencí zvláštní právní úpravy pro některé složky podniku, významné autority, jmenovitě I. Pelikánová, jsou názoru, že jednotný pohled na podnik se nemůže dotýkat právního režimu těch prvků podniku, jejichž převod je upraven zvláštním předpisem. Toto tvrzení opírají o novelizované znění § 5 odst. 2 ObchZ stanovící, že skutečností, že na právní poměry podniku se použijí ustanovení o věcech v právním smyslu, není dotčena působnost zvláštních právních předpisů vztahujícím se k nemovitým věcem, předmětům průmyslového vlastnictví atp., pokud jsou součástí podniku.[6] I. Pelikánová k tomu uvádí: „Povaha podniku jako univerzality neznamená, že by jednotlivé jeho prvky (...) nepodléhaly právní regulaci vztahující se k nim podle jejich povahy. Příslušnost k podniku nemá a nemůže mí za následek vymknutí se právní regulaci týkající se této složky.“[7] Z tohoto důvodu je třeba respektovat zvláštní právní úpravy, tedy v případě věcí nemovitých je k přechodu vlastnického práva na základě smlouvy o prodeji podniku třeba zápis do katastru nemovitostí, v případě ochranných známek je nutno respektovat zvláštní právní úpravu zákona č. 137/1995 Sb., o ochranných známkách, v platném znění podobně pokud jde o průmyslové vzory či vzory užitné zákon č. 207/2000 Sb., o ochraně průmyslových vzorů a zákon č. 478/1992 Sb., o užitných vzorech, v platném znění atp.

            Určitá neshoda panuje v otázce cenných papírů na řad jako součástí podniku. Zde proti sobě stojí názor I. Pelikánové (a Komise pro cenné papíry; podle nich je třeba použít zvláštní právní úpravu podle zákona č. 591/1992 Sb., o cenných papírech, v platném znění) K. Eliáše.[8] Podle druhého zmíněného autora je úprava smlouvy o prodeji podniku speciální vůči generální úpravě převodu cenných papírů a požadavek na indosaci (převod rubopisem) každého z jednotlivých cenných papírů na řad by byl nelogický. I podle tohoto autora však je tato specialita smlouvy o prodeji podniku dána pouze pro oblast práva soukromého, takže veřejnoprávní podmínky nabytí vlastnictví k určitým majetkovým složkám (typicky povinnost registrace ve veřejných seznamech) zůstávají nedotčeny.

            Možno tedy uzavřít, že majoritní názor teorie obchodního práva na otázku rozsahu převodu práv a závazků smlouvou o prodeji podniku je takový, že přecházejí všechna práva soukromoprávní povahy související s podnikem, avšak je nutno respektovat speciální právní úpravu ve zvláštních právních předpisech. Byť existují dílčí rozpory pokud jde např. cenné papíry na řad, z důvodu právní jistoty lze jen doporučit tyto zvláštní úpravy vždy respektovat.