epravo.cz

Přihlášení / registrace

Nemáte ještě účet? Zaregistrujte se


Zapomenuté heslo
    Přihlášení / registrace
    • ČLÁNKY
      • občanské právo
      • obchodní právo
      • insolvenční právo
      • finanční právo
      • správní právo
      • pracovní právo
      • trestní právo
      • evropské právo
      • veřejné zakázky
      • ostatní právní obory
    • ZÁKONY
      • sbírka zákonů
      • sbírka mezinárodních smluv
      • právní předpisy EU
      • úřední věstník EU
    • NÁZORY
    • SOUDNÍ ROZHODNUTÍ
      • občanské právo
      • obchodní právo
      • správní právo
      • pracovní právo
      • trestní právo
      • ostatní právní obory
    • AKTUÁLNĚ
      • 10 otázek
      • tiskové zprávy
      • vzdělávací akce
      • komerční sdělení
      • ostatní
      • rekodifikace TŘ
    • E-shop
      • Online kurzy
      • Online konference
      • Záznamy konferencí
      • EPRAVO.CZ Premium
      • Konference
      • Monitoring judikatury
      • Publikace a služby
      • Společenské akce
      • Partnerský program
    • Předplatné
    9. 3. 2016
    ID: 100758upozornění pro uživatele

    K možnostem procesní obrany daňového subjektu v rámci postupu k odstranění pochybností

    V souvislosti se zefektivněním činnosti daňové správy v posledních letech zadržely orgány finanční správy na vratkách DPH miliardy korun. Ve valné většině případů nedošlo k žádným pochybením a daňové subjekty měly a mají právo na jejich vrácení. V současné době však neexistuje žádná právní úprava, která by stanovovala lhůtu pro vrácení daně, přičemž tyto částky jsou na účtech správce daně v některých případech zadržovány po neúměrně dlouhou dobu. V souvislosti s tím vznikají daňovým subjektům výrazné škody, ať již například platební neschopností či nutností propouštění zaměstnanců. Tento článek se zabývá (nedostatečnou) právní úpravou týkající se postupu k odstranění pochybností v rámci daňového řízení.


    KŠD LEGAL advokátní kancelář s.r.o.

    Postup správce daně

    Dle § 105 odst. 1 zák. č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, je správce daně povinen do 30 dnů od podání daňového přiznání vrátit nadměrný odpočet nebo zahájit postup k odstranění pochybností dle § 89 a násl. zák. č. 280/2009 Sb., daňový řád, dále jen („daňový řád“). Již na tomto místě je nutné poznamenat, že se jedná se o specifický kontrolní postup odlišný od daňové kontroly. Nedokonalá právní úprava tohoto kontrolního institutu je však jednou z hlavních příčin problému zadržování nadměrných daňových odpočtů, daňový řád totiž žádným způsobem nestanovuje lhůtu k provedení postupu k odstranění pochybností, což ve spojení se špatným výkladem a aplikací ustanovení upravujících tento postup ze strany správce daně často plátcům daně znepříjemňuje život.

    Správce daně totiž v průběhu postupu k odstranění pochybností často nesděluje daňovému subjektu své pochybnosti způsobem, který mu umožní, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností, jak mu ukládá daňový řád. Často také dochází k případům, kdy správce daně tento postup neúměrně prodlužuje, a to nikoliv v řádu týdnů, ale měsíců. Jsou známy případy, kdy správce daně zadržuje daňovým subjektům nezanedbatelné částky již přes rok, místo toho aby vydal platební výměr nebo zahájil daňovou kontrolu dle § 85 a násl. daňového řádu. V praxi je také zcela běžná situace, kdy správce daně neúměrně prodlužuje délku postupu k odstranění pochybností, který následně převede do daňové kontroly, u které zákon taktéž nestanovuje lhůtu pro její provedení.  

    Toto jednání je v rozporu nejen s principy daňového řízení, ale i s § 7 odst. 1 daňového řádu, který stanoví, že: „Správce daně postupuje bez zbytečných průtahů.“ a dále s judikaturou Nejvyššího správního soudu České republiky, který v rozhodnutí čj. 1 Aps 20/2013-61 ze dne 25. 6. 2014 uvádí, že: „Postup k odstranění pochybností (§ 89 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu) je procesním prostředkem k neprodlenému a bezprostřednímu zjištění či ověření řádného splnění daňových povinností daňovým subjektem, který je prioritním nositelem břemene tvrzení a tomu odpovídajícímu břemene důkazního.“ Z tohoto lze dovozovat, že Nejvyšší správní soud považuje za nepřijatelné, aby byl postup k odstranění pochybností prováděn maximálně urychleně, což potvrzuje i další rozhodnutí Nejvyššího správního soudu sp.zn. 1 Ans 10/2012 ze dne 10. 10. 2012 které uvádí, že: „Postup k odstranění pochybností má sloužit k odstranění jednotlivých, dílčích pochybností již konkrétně vyjádřených a nemá sloužit k obsáhlému a časově i personálně náročnému dokazování.“

    Reklama
    Nemáte ještě registraci na epravo.cz?

    Registrujte se, získejte řadu výhod a jako dárek Vám zašleme aktuální online kurz na využití umělé inteligence v praxi.

    REGISTROVAT ZDE
    Možnosti obrany proti postupu správce daně

    Jaké možnosti obrany má tedy v těchto případech daňový subjekt?  Prvním krokem, který plátce v tomto případě učiní, by mělo být uplatnění postupu dle § 38 odst. 2 daňového řádu, tzn. podání podnětu nejblíže nadřízenému správci daně a upozornění jej na domnělou nečinnost podřízeného správce daně. Nejblíže nadřízený správce daně podnět prověří, a pokud je důvodný, přikáže nejpozději do 30 dnů po jeho obdržení správci daně, aby zjednal nápravu. Nezjedná-li správce daně nápravu do 30 dnů od přijetí tohoto příkazu, bezodkladně zjedná nápravu nejblíže nadřízený správce daně a o provedených opatřeních vyrozumí osobu, která podala podnět. Tento postup je však použitelný pouze v případě obrany proti neochotě správce postupovat bez zbytečných průtahů. Nemůžeme jej tedy použít v případě, že postup k odstranění pochybností byl zahájen nezákonným způsobem nebo je v jeho průběhu nezákonným způsobem postupováno, např. pokud je plátci daně doručena nekonkrétní výzva k odstranění pochybností nebo dochází v průběhu tohoto postupu k řetězení dalších nekonkrétních výzev.

    V tomto případě je namístě podání stížnosti podle § 261 daňového řádu. Ten uvádí, že osoba zúčastněná na správě daní má právo podat správci daně stížnost proti nevhodnému chování jeho úředních osob nebo proti postupu tohoto správce daně, jen za předpokladu neexistence jiného opravného prostředku v rámci správního řízení. Jak však uvádí Nejvyšší správní soud ve svém rozhodnutí ze dne 15.4.2015 sp. zn. 1 Afs 40/2015-39 „Za takový prostředek nelze považovat odvolání proti konečnému rozhodnutí o vyměření daně, neboť výsledkem postupu k odstranění  pochybností nemusí být vždy vydání rozhodnutí. Navíc z judikatury zdejšího soudu vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru.“ Nejvyšší správní soud shrnuje, že stížnost dle § 261 daňového řádu je přípustným opravným prostředkem proti výzvě k odstranění pochybností.

    V případě, že správce daně stížnosti nevyhoví, je namístě podání žaloby proti nezákonnému zásahu správního orgánu podle § 82 a násl. zák. č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, (dále jen „s.ř.s.“). Pokud soud rozsudkem určí, že provedený zásah byl nezákonný, a trvá-li takový zásah nebo jeho důsledky anebo hrozí-li jeho opakování, zakáže správnímu orgánu, aby v porušování žalobcova práva pokračoval a přikáže, aby, je-li to možné, obnovil stav před zásahem. Podání žaloby proti nezákonnému zásahu je namístě i v těch případech, kdy postup k odstranění pochybností probíhá neúměrně dlouho. Podaní žaloby proti nečinnosti správního orgánu podle § 79 a násl. s.ř.s. zde v tomto případě není na místě. Dle rozhodnutí Nejvyššího správního soudu sp.zn. 1 Ans 10/2012 ze dne 10.10.2012 žaloba proti nečinnosti nepřipadá v úvahu, protože postup k odstranění pochybností nemusí nutně vyústit ve vydání konečného rozhodnutí, podle Nejvyššího správního soudu tedy není na správních soudech, aby správci daně uložily způsob ukončení postupu k odstranění pochybností.

    Reklama
    Velká novela stavebního zákona (online - živé vysílání) - 24.4.2026
    Velká novela stavebního zákona (online - živé vysílání) - 24.4.2026
    24.4.2026 09:003 975 Kč s DPH
    3 285 Kč bez DPH

    Koupit

    Závěr

    Závěrem je nutné dodat, že postup k odstranění pochybností je v současné době především kvůli své nedopracovanosti a špatnému výkladu ze strany správce daně velice problematickou částí daňového řízení a nezřídka kdy působí daňovým subjektům nemalé obtíže i přes veškeré možnosti procesní obrany, které jsem předestřel v tomto článku.


    Jakub Jireš,
    Paralegal / student 5. ročníku Právnické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci


    KŠD LEGAL advokátní kancelář s.r.o.

    CITY TOWER
    Hvězdova 1716/2b
    140 00  Praha 4

    Tel.:    +420 221 412 611
    Fax:    +420 222 254 030
    e-mail:    ksd.law@ksd.cz

    Právnická firma roku 2015

    © EPRAVO.CZ – Sbírka zákonů, judikatura, právo | www.epravo.cz


    Jakub Jireš ( KŠD LEGAL )
    9. 3. 2016

    Poslat článek emailem

    *) povinné položky

    Další články:

    • Nový daňový režim ESOP v České republice od roku 2026. Posun k ekonomické realitě a mezinárodním standardům?
    • Preventivně-sankční funkce náhrady nemajetkové újmy za porušení osobnostních práv pohledem Ústavního soudu
    • SCHEJBAL& PARTNERS stáli u získání jedné z prvních licencí dle MiCA v ČR
    • Mezinárodní dožádání a lhůta pro stanovení daně: kritéria účelnosti, věcnosti a včasnosti v judikatuře
    • Prověřování zahraničních investic a kybernetická regulace: řízená služba jako nová transakční proměnná
    • Nová úprava kvalifikovaných zaměstnaneckých opcí
    • Silná koruna: jaké dopady má posilující koruna na české firmy
    • Novinky z české a evropské regulace finančních institucí za měsíc únor 2026
    • Nejvyšší správní soud vymezuje nové hranice zneužití práva u běžných nákladů na reklamu
    • Aktuální judikatura k holdingovým strukturám
    • Exkluzivita má svou cenu. NSS se vyjádřil k nájemnému mezi spojenými osobami

    Novinky v eshopu

    Aktuální akce

    • 24.04.2026Velká novela stavebního zákona (online - živé vysílání) - 24.4.2026
    • 28.04.2026Daňové kontroly (online - živé vysílání) - 28.4.2026
    • 29.04.2026Rozvod podle nových pravidel – očekávání a první zkušenosti (online - živé vysílání) - 29.4.2026
    • 30.04.2026Marketing a akvizice klientů s podporou AI (online - živé vysílání) - 30.4.2026
    • 06.05.2026Revoluce či evoluce, aneb co se skutečně mění v oblasti úpravy péče o nezletilé děti (online - živé vysílání) - 6.5.2026

    Online kurzy

    • Zavinění, právní omyl a odpovědnost zaměstnance za škodu pohledem Nejvyššího soudu
    • Novinky ze světa AI pro právníky – leden až březen 2026
    • Disciplinární procesy v pracovním právu
    • Pracovní smlouva: co obsahovat musí, může, nesmí
    • Cesta k pracovnímu poměru
    Lektoři kurzů
    JUDr. Tomáš Sokol
    JUDr. Tomáš Sokol
    Kurzy lektora
    JUDr. Martin Maisner, Ph.D., MCIArb
    JUDr. Martin Maisner, Ph.D., MCIArb
    Kurzy lektora
    Mgr. Marek Bednář
    Mgr. Marek Bednář
    Kurzy lektora
    Mgr. Veronika  Pázmányová
    Mgr. Veronika Pázmányová
    Kurzy lektora
    Mgr. Michaela Riedlová
    Mgr. Michaela Riedlová
    Kurzy lektora
    JUDr. Jindřich Vítek, Ph.D.
    JUDr. Jindřich Vítek, Ph.D.
    Kurzy lektora
    Mgr. Michal Nulíček, LL.M.
    Mgr. Michal Nulíček, LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Ondřej Trubač, Ph.D., LL.M.
    JUDr. Ondřej Trubač, Ph.D., LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
    JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Tomáš Nielsen
    JUDr. Tomáš Nielsen
    Kurzy lektora
    všichni lektoři

    Konference

    • 19.05.2026Rodina v právu a bezpráví: Rodinné právo – trampoty rodičů, dětí, advokátů - 19.5.2026
    Archiv

    Magazíny a služby

    • Monitoring judikatury (24 měsíců)
    • Monitoring judikatury (12 měsíců)
    • Monitoring judikatury (6 měsíců)

    Nejčtenější na epravo.cz

    • 24 hod
    • 7 dní
    • 30 dní
    • Odpovědnost členů statutárního orgánu za nepodání insolvenčního návrhu včas
    • Postoupení pohledávky na výživné jako novinka právní úpravy účinné od 1. 1. 2026
    • Jak zahájit provoz mezinárodní letecké linky do České republiky (EU): právní požadavky pro aerolinky ze třetích zemí
    • TOP 5 judikátů z korporátního práva za rok 2025
    • Vybrané otázky poskytování zdravotních služeb na dálku
    • Promlčení, insolvence
    • Mimořádné vydržení a vývoj judikatury Nejvyššího soudu
    • Nový daňový režim ESOP v České republice od roku 2026. Posun k ekonomické realitě a mezinárodním standardům?
    • Zneužití práva na přístup podle GDPR
    • Mimořádné vydržení a vývoj judikatury Nejvyššího soudu
    • Souhrn významných událostí ze světa práva
    • SCHEJBAL& PARTNERS stáli u získání jedné z prvních licencí dle MiCA v ČR
    • Odštěpný závod zahraniční společnosti optikou NIS2: Jak správně určit velikost podniku?
    • 10 otázek pro … Barboru Paclíkovou
    • Náhrada ušlého nájemného při předčasném ukončení nájemní smlouvy na nebytové prostory
    • Proč musí obhájce u soudu mlčet?
    • Promlčení zápůjčky bez určení splatnosti v judikatuře Nejvyššího soudu
    • Nejvyšší soud a forma smlouvy o smlouvě budoucí: krok zpět v ochraně právní jistoty?
    • Náhrada ušlého nájemného při předčasném ukončení nájemní smlouvy na nebytové prostory
    • Nepravomocné povolení stavby a změna územního plánu
    • Právní povaha sítě elektronických komunikací – režim náhrady škody
    • Proč musí obhájce u soudu mlčet?
    • Problematické aspekty změn v úpravě odpovědnosti za škodu způsobenou vadou výrobku
    • Zneužití práva na přístup podle GDPR

    Soudní rozhodnutí

    Promlčení, insolvence

    Počátek promlčecí lhůty k uplatnění nároku na náhradu škody způsobené advokátem opožděným přihlášením pohledávky věřitele (jeho klienta) do insolvenčního řízení vedeného...

    Oběť trestného činu

    O tom, že poškozený je zvlášť zranitelnou obětí, nevydává soud samostatné usnesení podle § 51a odst. 2 tr. ř. Rozhodne-li usnesením podle § 51a odst. 4 tr. ř. o ustanovení...

    Dohoda o vině a trestu

    Rozsah a způsob uspokojení nároků poškozeného nejsou podle § 175a odst. 6 písm. g) tr. ř. nutnou součástí obsahu dohody o vině a trestu, avšak státní zástupce při jejím...

    Zajištění nároku poškozeného

    Orgán rozhodující o zajištění nároku poškozeného na majetku obviněného (§ 47 odst. 1 tr. ř.) nebo o zajištění věci důležité pro trestní řízení nikoli pro důkazní účely [§...

    Nepřiměřená délka řízení (exkluzivně pro předplatitele)

    Právo na náhradu škody způsobené nezákonným rozhodnutím nebo nesprávným úředním postupem náleží podle čl. 36 odst. 3 Listiny základních práv a svobod každému, tedy i vedlejším účastníkům řízení.

    Hledání v rejstřících

    • mapa serveru
    • o nás
    • reklama
    • podmínky provozu
    • kontakty
    • publikační podmínky
    • FAQ
    • obchodní a reklamační podmínky
    • Ochrana osobních údajů - GDPR
    • Nastavení cookies
    100 nej
    © EPRAVO.CZ, a.s. 1999-2026, ISSN 1213-189X
    Provozovatelem serveru je EPRAVO.CZ, a.s. se sídlem Dušní 907/10, Staré Město, 110 00 Praha 1, Česká republika, IČ: 26170761, zapsaná v obchodním rejstříku vedeném Městským soudem v Praze pod spisovou značkou B 6510.
    Automatické vytěžování textů a dat z této internetové stránky ve smyslu čl. 4 směrnice 2019/790/EU je bez souhlasu EPRAVO.CZ, a.s. zakázáno.

    Jste zde poprvé?

    Vítejte na internetovém serveru epravo.cz. Jsme zdroj informací jak pro laiky, tak i pro právníky profesionály. Zaregistrujte se u nás a získejte zdarma řadu výhod.

    Protože si vážíme Vašeho zájmu, dostanete k registraci dárek v podobě unikátního online kurzu "Taktika jednání o smlouvách".

    Registrace je zdarma, k ničemu Vás nezavazuje a získáte každodenní přehled o novinkách ve světě práva.


    Vaše data jsou u nás v bezpečí. Údaje vyplněné při této registraci zpracováváme podle podmínek zpracování osobních údajů



    Nezapomněli jste něco v košíku?

    Vypadá to, že jste si něco zapomněli v košíku. Dokončete prosím objednávku ještě před odchodem.


    Přejít do košíku


    Vaši nedokončenou objednávku vám v případě zájmu zašleme na e-mail a můžete ji tak dokončit později.