epravo.cz

Přihlášení / registrace

Nemáte ještě účet? Zaregistrujte se


Zapomenuté heslo
    Přihlášení / registrace
    • ČLÁNKY
      • občanské právo
      • obchodní právo
      • insolvenční právo
      • finanční právo
      • správní právo
      • pracovní právo
      • trestní právo
      • evropské právo
      • veřejné zakázky
      • ostatní právní obory
    • ZÁKONY
      • sbírka zákonů
      • sbírka mezinárodních smluv
      • právní předpisy EU
      • úřední věstník EU
    • NÁZORY
    • SOUDNÍ ROZHODNUTÍ
      • občanské právo
      • obchodní právo
      • správní právo
      • pracovní právo
      • trestní právo
      • ostatní právní obory
    • AKTUÁLNĚ
      • 10 otázek
      • tiskové zprávy
      • vzdělávací akce
      • komerční sdělení
      • ostatní
      • rekodifikace TŘ
    • E-shop
      • Online kurzy
      • Online konference
      • Záznamy konferencí
      • EPRAVO.CZ Premium
      • Konference
      • Monitoring judikatury
      • Publikace a služby
      • Společenské akce
      • Partnerský program
    • Předplatné
    9. 3. 2016
    ID: 100758upozornění pro uživatele

    K možnostem procesní obrany daňového subjektu v rámci postupu k odstranění pochybností

    V souvislosti se zefektivněním činnosti daňové správy v posledních letech zadržely orgány finanční správy na vratkách DPH miliardy korun. Ve valné většině případů nedošlo k žádným pochybením a daňové subjekty měly a mají právo na jejich vrácení. V současné době však neexistuje žádná právní úprava, která by stanovovala lhůtu pro vrácení daně, přičemž tyto částky jsou na účtech správce daně v některých případech zadržovány po neúměrně dlouhou dobu. V souvislosti s tím vznikají daňovým subjektům výrazné škody, ať již například platební neschopností či nutností propouštění zaměstnanců. Tento článek se zabývá (nedostatečnou) právní úpravou týkající se postupu k odstranění pochybností v rámci daňového řízení.


    KŠD LEGAL advokátní kancelář s.r.o.

    Postup správce daně

    Dle § 105 odst. 1 zák. č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty, je správce daně povinen do 30 dnů od podání daňového přiznání vrátit nadměrný odpočet nebo zahájit postup k odstranění pochybností dle § 89 a násl. zák. č. 280/2009 Sb., daňový řád, dále jen („daňový řád“). Již na tomto místě je nutné poznamenat, že se jedná se o specifický kontrolní postup odlišný od daňové kontroly. Nedokonalá právní úprava tohoto kontrolního institutu je však jednou z hlavních příčin problému zadržování nadměrných daňových odpočtů, daňový řád totiž žádným způsobem nestanovuje lhůtu k provedení postupu k odstranění pochybností, což ve spojení se špatným výkladem a aplikací ustanovení upravujících tento postup ze strany správce daně často plátcům daně znepříjemňuje život.

    Správce daně totiž v průběhu postupu k odstranění pochybností často nesděluje daňovému subjektu své pochybnosti způsobem, který mu umožní, aby se k nim vyjádřil, neúplné údaje doplnil, nejasnosti vysvětlil, nepravdivé údaje opravil nebo pravdivost údajů prokázal a předložil důkazní prostředky tak, aby došlo k odstranění těchto pochybností, jak mu ukládá daňový řád. Často také dochází k případům, kdy správce daně tento postup neúměrně prodlužuje, a to nikoliv v řádu týdnů, ale měsíců. Jsou známy případy, kdy správce daně zadržuje daňovým subjektům nezanedbatelné částky již přes rok, místo toho aby vydal platební výměr nebo zahájil daňovou kontrolu dle § 85 a násl. daňového řádu. V praxi je také zcela běžná situace, kdy správce daně neúměrně prodlužuje délku postupu k odstranění pochybností, který následně převede do daňové kontroly, u které zákon taktéž nestanovuje lhůtu pro její provedení.  

    Toto jednání je v rozporu nejen s principy daňového řízení, ale i s § 7 odst. 1 daňového řádu, který stanoví, že: „Správce daně postupuje bez zbytečných průtahů.“ a dále s judikaturou Nejvyššího správního soudu České republiky, který v rozhodnutí čj. 1 Aps 20/2013-61 ze dne 25. 6. 2014 uvádí, že: „Postup k odstranění pochybností (§ 89 a násl. zákona č. 280/2009 Sb., daňového řádu) je procesním prostředkem k neprodlenému a bezprostřednímu zjištění či ověření řádného splnění daňových povinností daňovým subjektem, který je prioritním nositelem břemene tvrzení a tomu odpovídajícímu břemene důkazního.“ Z tohoto lze dovozovat, že Nejvyšší správní soud považuje za nepřijatelné, aby byl postup k odstranění pochybností prováděn maximálně urychleně, což potvrzuje i další rozhodnutí Nejvyššího správního soudu sp.zn. 1 Ans 10/2012 ze dne 10. 10. 2012 které uvádí, že: „Postup k odstranění pochybností má sloužit k odstranění jednotlivých, dílčích pochybností již konkrétně vyjádřených a nemá sloužit k obsáhlému a časově i personálně náročnému dokazování.“

    Reklama
    Nemáte ještě registraci na epravo.cz?

    Registrujte se, získejte řadu výhod a jako dárek Vám zašleme aktuální online kurz na využití umělé inteligence v praxi.

    REGISTROVAT ZDE
    Možnosti obrany proti postupu správce daně

    Jaké možnosti obrany má tedy v těchto případech daňový subjekt?  Prvním krokem, který plátce v tomto případě učiní, by mělo být uplatnění postupu dle § 38 odst. 2 daňového řádu, tzn. podání podnětu nejblíže nadřízenému správci daně a upozornění jej na domnělou nečinnost podřízeného správce daně. Nejblíže nadřízený správce daně podnět prověří, a pokud je důvodný, přikáže nejpozději do 30 dnů po jeho obdržení správci daně, aby zjednal nápravu. Nezjedná-li správce daně nápravu do 30 dnů od přijetí tohoto příkazu, bezodkladně zjedná nápravu nejblíže nadřízený správce daně a o provedených opatřeních vyrozumí osobu, která podala podnět. Tento postup je však použitelný pouze v případě obrany proti neochotě správce postupovat bez zbytečných průtahů. Nemůžeme jej tedy použít v případě, že postup k odstranění pochybností byl zahájen nezákonným způsobem nebo je v jeho průběhu nezákonným způsobem postupováno, např. pokud je plátci daně doručena nekonkrétní výzva k odstranění pochybností nebo dochází v průběhu tohoto postupu k řetězení dalších nekonkrétních výzev.

    V tomto případě je namístě podání stížnosti podle § 261 daňového řádu. Ten uvádí, že osoba zúčastněná na správě daní má právo podat správci daně stížnost proti nevhodnému chování jeho úředních osob nebo proti postupu tohoto správce daně, jen za předpokladu neexistence jiného opravného prostředku v rámci správního řízení. Jak však uvádí Nejvyšší správní soud ve svém rozhodnutí ze dne 15.4.2015 sp. zn. 1 Afs 40/2015-39 „Za takový prostředek nelze považovat odvolání proti konečnému rozhodnutí o vyměření daně, neboť výsledkem postupu k odstranění  pochybností nemusí být vždy vydání rozhodnutí. Navíc z judikatury zdejšího soudu vyplývá, že některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru.“ Nejvyšší správní soud shrnuje, že stížnost dle § 261 daňového řádu je přípustným opravným prostředkem proti výzvě k odstranění pochybností.

    V případě, že správce daně stížnosti nevyhoví, je namístě podání žaloby proti nezákonnému zásahu správního orgánu podle § 82 a násl. zák. č. 150/2002 Sb., soudního řádu správního, (dále jen „s.ř.s.“). Pokud soud rozsudkem určí, že provedený zásah byl nezákonný, a trvá-li takový zásah nebo jeho důsledky anebo hrozí-li jeho opakování, zakáže správnímu orgánu, aby v porušování žalobcova práva pokračoval a přikáže, aby, je-li to možné, obnovil stav před zásahem. Podání žaloby proti nezákonnému zásahu je namístě i v těch případech, kdy postup k odstranění pochybností probíhá neúměrně dlouho. Podaní žaloby proti nečinnosti správního orgánu podle § 79 a násl. s.ř.s. zde v tomto případě není na místě. Dle rozhodnutí Nejvyššího správního soudu sp.zn. 1 Ans 10/2012 ze dne 10.10.2012 žaloba proti nečinnosti nepřipadá v úvahu, protože postup k odstranění pochybností nemusí nutně vyústit ve vydání konečného rozhodnutí, podle Nejvyššího správního soudu tedy není na správních soudech, aby správci daně uložily způsob ukončení postupu k odstranění pochybností.

    Reklama
    AI-bezpečné právní psaní 2.0 (online - živé vysílání) - 16.7.2026
    AI-bezpečné právní psaní 2.0 (online - živé vysílání) - 16.7.2026
    16.7.2026 13:003 975 Kč s DPH
    3 285 Kč bez DPH

    Koupit

    Závěr

    Závěrem je nutné dodat, že postup k odstranění pochybností je v současné době především kvůli své nedopracovanosti a špatnému výkladu ze strany správce daně velice problematickou částí daňového řízení a nezřídka kdy působí daňovým subjektům nemalé obtíže i přes veškeré možnosti procesní obrany, které jsem předestřel v tomto článku.


    Jakub Jireš,
    Paralegal / student 5. ročníku Právnické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci


    KŠD LEGAL advokátní kancelář s.r.o.

    CITY TOWER
    Hvězdova 1716/2b
    140 00  Praha 4

    Tel.:    +420 221 412 611
    Fax:    +420 222 254 030
    e-mail:    ksd.law@ksd.cz

    Právnická firma roku 2015

    © EPRAVO.CZ – Sbírka zákonů, judikatura, právo | www.epravo.cz


    Jakub Jireš ( KŠD LEGAL )
    9. 3. 2016

    Poslat článek emailem

    *) povinné položky

    Další články:

    • Evropská unie mění pravidla plateb: více odpovědnosti, intenzivnější zpracování dat, více kontrol
    • Sdílení elektřiny v obecních projektech, změny po 1.8.2026 a zapojení bateriových úložišť
    • Novinky z české a evropské regulace finančních institucí za měsíc květen 2026
    • Když model počítá správně, ale závěr je zavádějící: limity AI při oceňování podniků
    • Institut zajišťovacího příkazu v daňovém řízení: podmínky vydání a obrana v odvolacím řízení
    • Postavení finančního arbitra v kontextu nařízení Brusel I bis - Funkční pojetí „soudu“, osvědčení podle čl. 53 a možnost výkonu nálezu v jiných členských státech EU
    • Daňová ztráta a její vliv na lhůtu pro stanovení daně
    • Novinky z české a evropské regulace finančních institucí za měsíc duben 2026
    • Zaměstnanecké benefity dle ustanovení § 6 odst. 9 písm. d) zákona o daních z příjmů v roce 2026
    • Flotilová novela: Kdo a kdy musí nově získat licenci k distribuci pojištění?
    • Novinky z české a evropské regulace finančních institucí za měsíc březen 2026

    Novinky v eshopu

    Aktuální akce

    • 16.07.2026AI-bezpečné právní psaní 2.0 (online - živé vysílání) - 16.7.2026
    • 22.07.2026Gemini a NotebookLM od A do Z v právní praxi (online - živé vysílání) - 22.7.2026
    • 29.07.2026Microsoft Copilot od A do Z v právní praxi (online - živé vysílání) - 29.7.2026
    • 11.08.2026Claude (Anthropic) od A do Z v právní praxi (online - živé vysílání) - 11.8.2026
    • 12.08.2026ChatGPT od A do Z v právní praxi 2026 (online - živé vysílání) - 12.8.2026

    Online kurzy

    • Vnosy ze SJM a vnosy do SJM a jejich valorizace v aktuální judikatuře Nejvyššího soudu a Ústavního soudu
    • Výpověď z pracovního poměru z důvodu neomluveného zameškání jedné směny
    • Nová „tlačítková povinnost“ pro e-shopy
    • Změna cenových ujednání ve smlouvách v energetice
    • Černé stavby
    Lektoři kurzů
    JUDr. Tomáš Sokol
    JUDr. Tomáš Sokol
    Kurzy lektora
    JUDr. Martin Maisner, Ph.D., MCIArb
    JUDr. Martin Maisner, Ph.D., MCIArb
    Kurzy lektora
    Mgr. Marek Bednář
    Mgr. Marek Bednář
    Kurzy lektora
    Mgr. Veronika  Pázmányová
    Mgr. Veronika Pázmányová
    Kurzy lektora
    Mgr. Michaela Riedlová
    Mgr. Michaela Riedlová
    Kurzy lektora
    JUDr. Jindřich Vítek, Ph.D.
    JUDr. Jindřich Vítek, Ph.D.
    Kurzy lektora
    Mgr. Michal Nulíček, LL.M.
    Mgr. Michal Nulíček, LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Ondřej Trubač, Ph.D., LL.M.
    JUDr. Ondřej Trubač, Ph.D., LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
    JUDr. Jakub Dohnal, Ph.D., LL.M.
    Kurzy lektora
    JUDr. Tomáš Nielsen
    JUDr. Tomáš Nielsen
    Kurzy lektora
    všichni lektoři

    Konference

    • 01.10.2026Trestní právo daňové - 1.10.2026
    • 02.10.2026Daňové právo 2026 - 2.10.2026
    Archiv

    Magazíny a služby

    • Monitoring judikatury (24 měsíců)
    • Monitoring judikatury (12 měsíců)
    • Monitoring judikatury (6 měsíců)

    Nejčtenější na epravo.cz

    • 24 hod
    • 7 dní
    • 30 dní
    • Nový zákon o veřejných dražbách, aukce a obálkové metody
    • Evropská unie mění pravidla plateb: více odpovědnosti, intenzivnější zpracování dat, více kontrol
    • Odpovědnost zaměstnavatele a zaměstnance v souvislosti s využitím umělé inteligence
    • Koupě nemovité věci
    • Nařízení EU o umělé inteligenci a jeho dopady na využití jazykových modelů v advokátní praxi
    • Pohled přes hranice – natáčení pornografických klipů jako důvod výpovědi z nájmu bytu
    • Kupní smlouva o převodu nemovitosti bez uvedení výše kupní ceny
    • Holdingové struktury a odpovědnost mateřské společnosti
    • Odpovědnost zaměstnavatele a zaměstnance v souvislosti s využitím umělé inteligence
    • Souhlas s veřejným užíváním pozemku jako překážka nároku na bezdůvodné obohacení – nález Ústavního soudu sp. zn. I. ÚS 2541/25
    • Kupní smlouva o převodu nemovitosti bez uvedení výše kupní ceny
    • Pohled přes hranice – natáčení pornografických klipů jako důvod výpovědi z nájmu bytu
    • Druhá „tlačítková novela": povinné tlačítko pro odstoupení od smlouvy
    • Nový návrh zákona o platformové práci – 2. díl: Redefinice závislé práce
    • Nařízení EU o umělé inteligenci a jeho dopady na využití jazykových modelů v advokátní praxi
    • Revize zájezdové směrnice: co přináší, co hrozilo a co to znamená pro praxi
    • Holdingové struktury a odpovědnost mateřské společnosti
    • Systémová podjatost ve správním řízení aneb požadavek na překročení nadkritické míry rizika systémové podjatosti
    • Přičitatelnost jednání třetích osob dlužníkovi pro účely posouzení neúčinnosti: ano nebo ne?
    • Byznys a paragrafy, díl 35: Ručení za dluhy z podnikání u OSVČ a s.r.o.
    • Platformová práce
    • Dokazování negativních skutečností ve sporném řízení
    • Pacht závodu a zákaz přenechání věci třetí osobě
    • Několik poznámek z pera Nejvyššího soudu k nemocem z povolání a důkazní nouzi

    Soudní rozhodnutí

    Koupě nemovité věci

    Je-li u koupě nemovité věci v písemné smlouvě výslovně projevena vůle stran uzavřít úplatnou kupní smlouvu bez určení kupní ceny, uplatní se podle § 2131 o. z. přiměřeně § 2085...

    Nesprávný úřední postup (exkluzivně pro předplatitele)

    Rovněž nesprávný závazný právní názor nadřízeného orgánu, který negativně ovlivnil délku odškodněného řízení, vylučuje na základě § 16 odst. 4 (s přihlédnutím k...

    Platební neschopnost (exkluzivně pro předplatitele)

    Účinky vyvrácení domněnky platební neschopnosti dlužníka dle § 3 odst. 2 písm. b/ insolvenčního zákona má výkaz stavu likvidity sestavený podle § 3 odst. 3 insolvenčního zákona...

    Předkupní právo (exkluzivně pro předplatitele)

    Pojem „neoddělitelnost věcí“ ve smyslu § 2149 odst. 2 o. z. zákon blíže nedefinuje. Jde zde o právní normu s tzv. relativně neurčitou hypotézou, tj. normu, jejíž hypotéza není...

    Přerušení řízení (exkluzivně pro předplatitele)

    Smyslem § 109 odst. 2 písm. c/ o. s. ř. je zajistit hospodárnost řízení; proto by měl soud posoudit, zda vyčkání výsledku vedlejšího řízení bude i z hlediska délky původního...

    Hledání v rejstřících

    • mapa serveru
    • o nás
    • reklama
    • podmínky provozu
    • kontakty
    • publikační podmínky
    • FAQ
    • obchodní a reklamační podmínky
    • Ochrana osobních údajů - GDPR
    • Nastavení cookies
    100 nej
    © EPRAVO.CZ, a.s. 1999-2026, ISSN 1213-189X
    Provozovatelem serveru je EPRAVO.CZ, a.s. se sídlem Dušní 907/10, Staré Město, 110 00 Praha 1, Česká republika, IČ: 26170761, zapsaná v obchodním rejstříku vedeném Městským soudem v Praze pod spisovou značkou B 6510.
    Automatické vytěžování textů a dat z této internetové stránky ve smyslu čl. 4 směrnice 2019/790/EU je bez souhlasu EPRAVO.CZ, a.s. zakázáno.

    Jste zde poprvé?

    Vítejte na internetovém serveru epravo.cz. Jsme zdroj informací jak pro laiky, tak i pro právníky profesionály. Zaregistrujte se u nás a získejte zdarma řadu výhod.

    Protože si vážíme Vašeho zájmu, dostanete k registraci dárek v podobě unikátního online kurzu "Taktika jednání o smlouvách".

    Registrace je zdarma, k ničemu Vás nezavazuje a získáte každodenní přehled o novinkách ve světě práva.


    Vaše data jsou u nás v bezpečí. Údaje vyplněné při této registraci zpracováváme podle podmínek zpracování osobních údajů



    Nezapomněli jste něco v košíku?

    Vypadá to, že jste si něco zapomněli v košíku. Dokončete prosím objednávku ještě před odchodem.


    Přejít do košíku


    Vaši nedokončenou objednávku vám v případě zájmu zašleme na e-mail a můžete ji tak dokončit později.